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Indigène est en biologie un adjectif qui qualifie une espèce endémique dont l'évolution s'est faite dans le lieu dont on parle.
Plus généralement, son emploi dans le domaine des sciences sociales et historiques a longtemps eu (et a parfois encore) en français une connotation péjorative liée à l'évolution sémantique qu'il connut durant la période coloniale. Familièrement un indigène désignait « un individu non civilisé » ou « qui n'était pas citoyen à part entière de la nation » (voir à ce sujet statut de l'indigénat), si bien que le terme « autochtone » lui est souvent préféré. Néanmoins, indigène semble depuis quelques années connaître une réhabilitation par le biais de l'anglais « indigenous » qui a conservé dans cette langue son sens étymologique de « individu originaire » du lieu où il vit.
Pour les mêmes raisons, l'emploi de langue vernaculaire ou langue autochtone sera préféré à celui langue indigène, et ce contrairement aux anglophones qui ont conservé l'expression indigenous language.
Au Québec les termes autochtone, amérindien ou natif sont également plus souvent employés, s'ils bénéficient du statut officiel. En Nouvelle Calédonie, les accords de Nouméa reconnaissent un statut coutumier aux populations kanak.
Le terme indígena est d'emploi officiel dans plusieurs pays d'Amérique latine.
L'antonyme d'indigène est allogène.
