Het endometrium of baarmoederslijmvlies is de bedekkende laag van de binnenzijde van de baarmoeder.
Het endometrium reageert sterk op de twee vrouwelijke hormonen: oestrogeen en progesteron. Onder invloed van oestrogeen wordt het dikker, onder invloed van progesteron ontstaan er meer slijmkliertjes in (secretiefase). Dit is de fase waarin innesteling van een bevruchte eicel kan plaatsvinden. Gebeurt dit niet, dan valt daarna de progesteronconcentratie terug en dan kan het nu dikke en uitgerijpte endometrium niet meer intact blijven en treedt een menstruatie op. Bij de meeste zoogdieren wordt het baarmoederslijmvlies regelmatig, als er geen zwangerschap optreedt, deels afgestoten waarbij bloedvaatjes kapot gaan en een bloeding (de menstruatie) wordt veroorzaakt. Bij de mens gebeurt dat één maal per menstruatiecyclus van ongeveer 25-35 dagen, maar bij verschillende diersoorten varieert de lengte van deze cyclus van een paar dagen tot een jaar. Echter heeft lang niet ieder zoogdier een menstruatie met bloedverlies bij uitblijven van de bevruchting.
Het baarmoederslijmvlies bestaat uit 2 lagen:
Endometriumweefsel zal na een geslaagde innesteling van een bevruchte eicel samen met cellen afkomstig van de vrucht de placenta vormen.
Als endometriumweefsel zich op andere plaatsen bevindt dan op de wand van de baarmoeder is er sprake van endometriose.