Een micro-organisme is een organisme dat te klein is om met het blote oog te zien. Hieronder vallen alle ééncelligen zoals bacteriën, protozoa (waaronder de amoeben), eencellige algen en schimmels waaronder (de gisten). Micro-organismen kunnen overal gevonden worden in de natuur, zelfs in poolgebieden, woestijnen, geisers, net onder de oppervlakte van rotsen en op de bodem van de oceaan. In grote aantallen komen ze voor op de huid, in het spijsverteringskanaal, in de grond, in water en in de lucht. Prionen worden niet tot de micro-organismen gerekend, omdat ze niet als levend worden gezien.
Veel micro-organismen gebruiken restanten van andere organismen als voedsel. Zij spelen een grote rol in de biotechnologie (bijvoorbeeld bij brouwen en brood bereiden). Sommige micro-organismen kunnen ook ziekten veroorzaken.
