Een organisme kan worden gedefinieerd als een levend wezen met een eigen metabolisme. Planten, dieren, schimmels, en bacteriën zijn organismen, terwijl virussen en prionen in het algemeen niet als organismen worden beschouwd. In de context waarin het woord 'organisme' wordt gebruikt gaat het meestal om de machinerie van het leven : het wezen zien als een samenstel van chemische reacties en fysische verschijnselen, zoals in de biologie, fysiologie, biochemie, moleculaire biologie en biofysica. Daarnaast kunnen organismen bestudeerd worden in hun relatie tot elkaar en het milieu zoals in de ethologie en de ecologie.
Organismen kunnen op verschillende niveaus worden onderzocht: moleculair, cellulair, histologisch, op het niveau van organen of orgaanstelsels, individu, populatie of ecosysteem.
Gebaseerd op celtypen, kunnen organismen verdeeld worden over de groepen, prokaryoten en eukaryoten.
In wijdere zin wordt ook een ingewikkeld 'systeem' wel eens aangeduid of gezien als een organisme, zoals 'de politiek' of 'het internationale telefoonnet'.