Ochrona gatunkowa roślin to prawny sposób zabezpieczenia rzadko występujących gatunków dziko rosnących roślin zagrożonych wyginięciem. Gatunków chronionych nie wolno niszczyć, zrywać, zbierać, niszczyć ich siedlisk, sprzedawać, nabywać, przewozić przez granicę państwa itp. Dla gatunków ściśle chronionych na odstępstwo od takiego zakazu może wyjątkowo wyrazić zgodę Minister Środowiska, dla gatunków częściowo chronionych - wojewoda. Kilka częściowo chronionych gatunków roślin jest dopuszczonych do limitowanego (za zezwoleniem wojewody) zbioru do celów zielarskich.
Ewentualnego zniszczenia roślin podczas prowadzenia gospodarki rolnej, leśnej i rybackiej w większości przypadków nie uważa się za naruszenie przepisów o ochronie gatunkowej, choć dla niektórych gatunków ten wyjątek nie obowiązuje.
Jeżeli cokolwiek zagraża stanowiskom gatunków chronionych (nawet czynnik naturalny, np. sukcesja roślinności) to wojewoda jest obowiązany podjąć odpowiednie działania dla zabezpieczenia stanowiska. Na liście roślin chronionych są wskazane te gatunki, które zwykle wymagają ochrony czynnej.
Ochrona gatunkowa wybranych gatunków roślin funkcjonuje w niemal wszystkich państwach. W Polsce za jej początki uważa się przepisy chroniące cisa, jakie obowiązywały w Polsce już w średniowieczu. Ochronę gatunkową roślin w nowoczesnym rozumieniu tego słowa zapoczątkowano w Europie pod koniec XIX w w Szwajcarii, a następnie Austrii zarządzeniami dotyczącymi ochrony szarotki. W Polsce pierwszych 6 gatunków roślin objęto ścisła ochroną dopiero w 1919 r., a w 1946 r. wydano pierwsze rozporządzenie o ochronie gatunkowej, którym objęto 110 gatunków roślin. Później lista roślin chronionych była modyfikowana. W minionych latach szczególnie często zmieniano zarówno listę gatunków jak i podstawy prawne ochrony gatunkowej (ostatnio w 1995, 2001 i 2004 r.).
Obecnie podstawą prawną określającą szczegóły ochrony gatunkowej roślin jest Rozporządzenie Ministra Środowiska z 9 lipca 2004 (Dz. U. Nr 168, poz. 1764). Rozporządzenie zawiera między innymi listę gatunków chronionych objętych ochroną ścisłą (całkowitą) i ochroną częściową.